Školy mystérií byly ve starověku centry studia a mystických iniciací, v nichž se zkoumala tajemství vesmíru, přírody a člověka. Mnohdy od svých iniciátů vyžadovaly přísahu mlčenlivosti, obvykle pod trestem smrti.

Současný Imperátor Starého Mystického Řádu Růže a Kříže (A.M.O.R.C.) Christian Bernard na toto téma napsal: „Iniciace není něco přesného, ani umístěného v čase. Jde o proces pokračující od inkarnace k inkarnaci, což nás vede k sebeuvědomění, ale až na konci velmi dlouhého vnitřního rozvoje. Znamená to tedy, že všechny naše myšlenky, slova a činy jsou svou vlastní iniciací, protože každá z nich přispívá k Velkému dílu, které v nás probíhá od úsvitu času.“

A.M.O.R.C. uchovává mnoho tradic antických škol mystérií a filosofií. Patří sem především tradice egyptská s kořeny v Atlantidě a řecká, která byla vytvořena z mystérií eleusínských, orfických, delfských a učení Pýthagorejského řádu.

Atlantida je považována za zdroj Prvotní tradice, podle níž se Atlanťané kvůli zániku svého ostrova asi 10 tisíc let před naším letoposčtem usadili v Egyptě a přenesli sem svou vyspělou kulturu. Nejstarší školou mystérií v Egyptě byla škola usirovská, jejíž učení se týkalo života, smrti a zmrtvýchvstání boha Usira.

Orfická mystéria byla spjata se životem největšího z hudebníků – Orfea. Říkalo se, že jeho hudba dokázala pohnout neživými předměty a jeho posvátné písně hovořily o největších tajemstvích vesmíru.

Málo se ví, že v řeckých Delfách sídlila kromě proslulé věštírny také věhlasná škola mystérií. Nad portálem Apollónova chrámu bylo napsáno: „Poznej sám sebe.“ To je cílem každého rosekruciána.

Žáci proslulého Pýthagora museli nejdříve pět let mlčet a teprve potom byli uvedeni do mystérií o třech stupních: první byl věnován vědě o číslech, druhý morálním a politickým zákonům a třetí esoterickému učení.

Populární eleusínská mystéria byla založena na mýtu o bohyni plodnosti Démétér a její dceři Persefoně, jejichž příběh symbolizuje návrat lidské duše po smrti k universálnímu zdroji. Tato mystéria byla tak důležitá, že celý řecký svět dodržoval 55denní příměří, aby bylo možné cestovat do Eleusíny a zpět. Učení se později rozšířilo do celého Řecka.

Mithraická mystéria zahrnovala sled sedmi iniciací, v nichž kandidáti podstupovali různé zkoušky. Spojení vědeckého studia, iniciace a Kosmické jednoty je hlavním rysem rosekruciánské práce.

Na závěr dodejme, že učení A.M.O.R.C. kromě starověkých mystérií ovlivnily v dalších staletích i jiné esoterické směry, především hermetismus, gnosticismus, neoplatonismus, kabala, alchymie a martinismus. Tradiční Martinistický Řád (T.M.O.) je v současné době součástí A.M.O.R.C.