Egyptské školy mystérií, nazývané také „domy života“, předávaly své učení iniciátům v chrámech postavených pro tento účel. Podle rosekruciánského učení, které přímo navazuje na poznání starověkého Egypta, byly pro zasvěcence nejposvátnější pyramidy v Gíze.

Mysterijní školy iniciovaly jen muže a ženy, kteří byli podle tamních mistrů způsobilí přijímat posvátnou a v lásce opatrovanou moudrost. Podle prvního Imperátora Starého Mystického Řádu Růže a Kříže (A.M.O.R.C.) Harveye Spencera Lewise bylo hlavním cílem egyptských iniciačních rituálů pomoci kandidátům zažít psychickou projekci nazývanou také iniciační smrt, při níž prožili vědomé oddělení fyzického a psychického těla.

Průběh iniciace byl uzpůsoben tak, aby „smrt“ a pozdější „znovuzrození“ zůstaly navždy vryty do mysli a emocí iniciátů, kteří tak získali jistotu, že iniciace jim přinesla odhalení mystéria mystérií. Poté, co pronesli slib, že nikomu neodhalí nic ze zasvěcovacího rituálu a zavázali se pokračovat v mystické cestě, bylo jim předáváno nejesoteričtější učení, jaké může smrtelník poznat.

Rosekruciánská tradice říká, že Thutmose III., považovaný historiky za jednoho z největších panovníků 18. dynastie, patřil mezi zasvěcence egyptských škol mystérií. Ty ve své době fungovaly naprosto nezávisle a měly svá vlastní pravidla. Poté, co byl Thutmose III. kněžími Kher-Heb označen za následníka trůnu, rozhodl se spojit všechny školy do jediného řádu, řízeného stejnými pravidly, aby tak vytvořil jednotné bratrstvo. Pro svou inteligenci a moudrost byl vybrán jako Velmistr.

Učení současného rosekruciánského řádu A.M.O.R.C. přímo navazuje na myšlenky a dílo „kacířského“ faraóna Amenhotepa IV., který si změnil jméno na Achnaton, což znamená „žák Atonův“. Kromě toho, že byl již v mládí přijat do řádu založeného Thutmosem III. a stal se jeho Velmistrem, zavedl v Egyptě jako první zemi na světě monotheismus a uskutečnil uměleckou revoluci.

Na rozdíl od Amonových kněží, kteří považovali Slunce neboli Ra za boha všech bohů, pro Achnatona představovalo pouze viditelný symbol neviditelného Boha, jehož nazýval Aton. Aton byl často znázorňován jako sluneční kotouč, jehož paprsky jsou zakončeny rukama, symbolem Atonovy touhy předávat požehnání celému lidstvu.

Achnaton brzy opustil hlavní město Théby a ve středním Egyptě vybudoval skvostné nové hlavní město Achetaton, které zasvětil své víře. Svolal sem nejučenější muže a ženy, s jejichž pomocí položil základy mystického bratrstva, jehož ideály a učení se pak šířily do dalších zemí. V srdci Achetatonu vystavěl chrám, v němž se bratrstvo scházelo, aby studovalo umění, vědy a mystéria. Starý Mystický Řád Růže a Kříže je nyní opatrovníkem veškerého vědění, které bylo na tomto místě soustředěno.